Το Τμήμα Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης οργανώνει και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Διοίκηση Καινοτομίας, Τεχνολογίας και Επιχειρήσεων» (Master in Innovation, Technology and Business Management) (ΦΕΚ Β’ 2774/12-7-2018). Το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα θα λειτουργήσει από το ακαδημαϊκό έτος 2019-2020. Το γνωστικό αντικείμενο του Π.Μ.Σ. είναι η Διοίκηση Επιχειρήσεων με έμφαση στον Τεχνολογικό, Τεχνικό-Κατασκευαστικό και Βιομηχανικό κλάδο. Το Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) με τις ακόλουθες ειδικεύσεις: α) Διοίκηση Λειτουργιών, Παραγωγής και Εφοδιαστική, β) Οργανωσιακός Σχεδιασμός και Σχεδιασμός Προϊόντων, γ) Διαχείριση και Τεχνολογία Συστημάτων.
Σύμφωνα με τον Κανονισμό Λειτουργίας (ΦΕΚ Β’ 3659/28-8-2018) όπως έχει τροποποιηθεί και ισχύει (ΦΕΚ Β’ 1568/04-04-2022) το πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών εντάσσεται στον στρατηγικό σχεδιασμό του Ιδρύματος, διέπεται από επιστημονική συνοχή και αποσκοπεί στην περαιτέρω προαγωγή της γνώσης, την ανάπτυξη της έρευνας, την ικανοποίηση των εκπαιδευτικών, ερευνητικών, κοινωνικών, πολιτιστικών και αναπτυξιακών αναγκών της χώρας, στην υψηλού επιπέδου εξειδίκευση των πτυχιούχων σε θεωρητικές και εφαρμοσμένες περιοχές συγκεκριμένων γνωστικών κλάδων, ειδικές θεματικές ενότητες ή επιμέρους κλάδους των γνωστικών αντικειμένων του πρώτου κύκλου σπουδών του Τμήματος. Με το ΠΜΣ το Τμήμα εκπληρώνει την αποστολή του με τη διδασκαλία, έρευνα και εφαρμογή συστηματικών τρόπων βελτίωσης της παραγωγικότητας (αύξηση της ποιότητας και της ποσότητας της παραγωγής με ταυτόχρονη μείωση των διατιθέμενων πόρων) και την κατάρτιση διπλωματούχων μηχανικών ικανών να μελετούν, ερευνούν και ασχολούνται επιστημονικά με το σχεδιασμό της δομής και της λειτουργίας σύγχρονων τεχνολογικών και διοικητικών συστημάτων
.